Phòng Công nghệ sinh học tái tạo môi trường được thành lập ngày 13 tháng 04 năm 2011 theo Quyết định số 141/QĐ-CNSH của Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học. Tiền thân của phòng Công nghệ sinh học tái tạo môi trường là phòng Công nghệ sinh học môi trường được thành lập năm 2004. Trước đó là Tổ Công nghệ sinh học môi trường được thành lập năm 1998 do TS. Đặng Thị Cẩm Hà làm Tổ trưởng. Năm 2004, phòng Công nghệ sinh học môi trường được thành lập do PGS.TS. Đặng Thị Cẩm Hà làm Trưởng phòng. Tiếp đó, TS. Nghiêm Ngọc Minh phụ trách phòng từ năm 2007 và được bổ nhiệm làm trưởng phòng năm 2008. Xuất phát từ nhu cầu phát triển khoa học và công nghệ chuyên sâu, một nhóm nghiên cứu từ phòng Công nghệ sinh học môi trường đã được tách ra để thành lập phòng Công nghệ sinh học tái tạo môi trường tháng 04 năm 2011. TS. Đinh Thị Thu Hằng được phân công phụ trách phòng và được bổ nhiệm phó trưởng phòng phụ trách phòng tháng 10/2011. Đến tháng 06/2013, TS. Đinh Thị Thu Hằng được bổ nhiệm làm trưởng phòng. Tháng 3 năm 2016 TS. Đinh Thị Thu Hằng chuyển công tác và TS. Chu Nhật Huy được phân công về phụ trách phòng. Tháng 8 năm 2017 TS. Chu Nhật Huy được bổ nhiệm làm trưởng phòng.
Phòng Công nghệ sinh học tái tạo môi trường được ra đời nhằm kế thừa và liên tục phát triển, nâng cao trình độ trong các hướng nghiên cứu và công nghệ sinh học môi trường. Ngay từ khi ra đời cho đến nay, các định hướng quan trọng và cũng là hướng nghiên cứu lâu dài nhất của phòng chúng tôi đó là: nghiên cứu cơ bản quần xã vi sinh vật cũng như khả năng chuyển hóa, phân hủy và khoáng hóa các chất ô nhiễm liên quan đến hàng loạt chất hữu cơ vòng thơm bằng sử dụng kết hợp các công cụ truyền thống và hiện đại nhất trong sinh học môi trường. Hướng nghiên cứu thứ hai là tạo ra các công nghệ phân hủy sinh học (bioremediation) thích hợp với các điều kiện sinh thái khác nhau và các loại hình ô nhiễm các chất đa vòng thơm chứa hay không chứa halogen. Đặc biệt, công nghệ phân hủy sinh học khử độc ô nhiễm đất, trầm tích nhiễm chất diệt cỏ/dioxin, thuốc nhuộm đã được ưu tiên hơn cả. Hiện nay, phòng chúng tôi đã tạo ra được công nghệ để xử lý ô nhiễm chất diệt cỏ/dioxin, dầu và các loại thuốc nhuộm, DDT, HCH v.v. Gần đây, chúng tôi đang bắt đầu xây dựng hướng sử dụng công cụ Metagenomics, Metabolomics v.v. nhằm phát hiện và khai thác nguồn nguyên liệu di truyền từ các vùng ô nhiễm và từ các vùng sinh thái tự nhiên khác nhau. Trong đó, các nghiên cứu khu trú vào các chất hữu cơ chứa clo như chất diệt cỏ/dioxin và các enzyme ngoại bào phục vụ cho quan trắc phân tử ô nhiễm và xử lý ô nhiễm và các chất độc hữu cơ vòng thơm trong sinh khối tái tạo và môi trường. Công nghệ không chỉ khu trú vào kích thích tập đoàn vi sinh vật mà còn sử dụng các enzyme và các chất xúc tác thu được để tăng hiệu quả xử lý các loại hình ô nhiễm là các chất hữu cơ bền vững (POP). Một hướng nữa cũng được chúng tôi quan tâm là tạo ra các chế phẩm xử lý ô nhiễm các hợp chất đa vòng thơm và tái tạo, phục hồi môi trường phù hợp cho từng loại hình ô nhiễm và đặc tính của môi trường bị ô nhiễm. Gần đây chúng tôi đã nghiên cứu tạo ra các chế phẩm để chuyển hóa sinh khối từ phụ phế liệu nông lâm nghiệp và chăn nuôi thành compost có chất lượng cao phục vụ nông nghiệp công nghệ cao định hướng cho sản phẩm hữu cơ.
Nhân sự hiện tại của phòng bao gồm 11 người trong đó có 01 phó giáo sư, nghiên cứu viên cao cấp; 04 tiến sỹ; 03 NCS; 03 thạc sỹ. Ngay từ những ngày đầu được thành lập, Phòng Công nghệ sinh học tái tạo môi trường luôn chú trọng việc xây dựng cơ sở vật chất, đào tạo và phát triển đội ngũ cán bộ khoa học nhằm đáp ứng kịp thời với chức năng, nhiệm vụ đã đề ra.