Phòng Kỹ thuật di truyền chính thức được thành lập ngày 13 tháng 5 năm 2000 theo Quyết định số 109/CNSH-QĐ của Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học. Ngay từ những ngày đầu thành lập, Phòng Kỹ thuật di truyền luôn chú trọng công tác nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, phát triển và nâng cao năng lực đội ngũ cán bộ khoa học, cơ sở vật chất