- Nghiên cứu tuyển chọn và bảo quản các chủng vi sinh vật có khả năng tổng hợp với năng suất cao các chất hoạt tính sinh học (chất điều hòa sinh trưởng thực vật, axit hữu cơ, enzyme...).
- Xây dựng và triển khai công nghệ sản xuất và ứng dụng các chế phẩm vi sinh vật có giá trị.
- Tham gia công tác đào tạo cán bộ đại học và sau đại học trên lĩnh vực công nghệ vi sinh.
Mở rộng các hướng nghiên cứu:
- Nghiên cứu đa dạng vi sinh vật ở các hệ sinh thái nhiệt đới đặc thù của Việt Nam như: đồi núi, biển, suối nước nóng... nhằm thu thập và bảo quản nguồn gen, phát triển các các chất hoạt tính sinh học mới.
- Nghiên cứu các chế phẩm vi sinh xử lý phế thải sinh hoạt và nông nghiệp làm phân bón vi sinh, chất giữ ẩm sinh học và xử lý ô nhiễm môi trường.
- Nghiên cứu vật liệu sinh học như các polymer dễ phân hủy sinh học (polylactic, PHB, PHA...) và nhiên liệu sinh học.
- Nghiên cứu các vi sinh vật và sản phẩm của vi sinh vật trong nuôi trồng thủy sản và chế biến, bảo quản thực phẩm (Vi khuẩn lactic, nisin, Astaxantin...).