Phòng Vi sinh vật đất là một trong 21 đơn vị nghiên cứu được thành lập cùng với sự ra đời của Viện Công nghệ sinh học vào năm 1993. Hoạt động chính của Phòng ở giai đoạn này là nghiên cứu sử dụng nhóm vi khuẩn có khả năng cố định nitơ phân tử. Giai đoạn tiếp theo (1995 - 2004), Phòng tập trung nghiên cứu sử dụng vi sinh vật phân giải hợp chất photphat khó tan. Trong thời gian từ năm 2004-2009, nhờ sử dụng các kỹ thuật mới và trang thiết bị hiện đại mà nhiều chủng vi khuẩn mới thuộc các loài khác nhau đã được phòng xác định. Từ các bộ sưu tập vi sinh vật hữu ích đó, phòng đã chế tạo và thử nghiệm nhiều loại chế phẩm vi sinh như Rhizoda (phân vi sinh cho cây họ đậu), Rhizolu (phân vi sinh cho lúa nước), VSVH (phân vi sinh đa chức năng cho cây trồng cạn), VSVM (vi sinh vật mùn hóa phế thải giàu cellulose), phân hữu cơ vi sinh, chế phẩm Antiforhis (sử dụng trong sản xuất phòng chống bệnh thối rễ - lở cổ rễ). Trong những năm 2009 đến nay, phòng luôn giữ ổn định và phát triển thêm các chế phẩm vi sinh mới. Năm 2014, trên cơ sở hợp tác với Liên minh HTX Việt Nam và đề tài cấp cơ sở của Viện, phòng đã phát triển chế phẩm Activate trong đó có chứa các chủng xạ khuẩn đối kháng với nấm bệnh thán thư (nấm có phổ gây bệnh rộng trên nhiều đối tượng cây trồng). Đến nay, Phòng Vi sinh vật đất đã làm chủ nhiều loại chế phẩm vi sinh hữu ích cho cây trồng, mang lại hiệu quả cao trong nông nghiệp, đồng thời liên tục nghiên cứu phát triển các sản phẩm mới. Bên cạnh đó, phòng cũng phát triển thêm các chế phẩm vi sinh ứng dụng trong sản xuất bột giấy sinh học, hạn chế lượng hóa chất sử dụng và ô nhiễm môi trường sản xuất cho ngành giấy. Phòng có khả năng chuyển giao công nghệ và cung cấp các chế phẩm phân bón hữu cơ theo yêu cầu.
Nhân sự của Phòng liên tục có thay đổi do có cán bộ nghỉ hưu hoặc chuyển công tác và cán bộ mới về. Nhân sự hiện nay của phòng gồm 08 người:
- 03 Tiến sỹ
- 01 Thạc sỹ
- 04 Cử nhân.