Phòng Công nghệ sinh học môi trường được thành lập ngày 24/06/2004 theo Quyết định của Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học trên cơ sở Tổ Công nghệ sinh học môi trường. Tổ Công nghệ sinh học môi trường được thành lập theo quyết định số 32/CNSH-QĐ ngày 08/06/1998. Ngay từ những ngày đầu được thành lập, Phòng Công nghệ sinh học môi trường luôn chú trọng trong việc xây dựng các hướng nghiên cứu khoa học và công nghệ, phát triển đội ngũ cán bộ khoa học, cơ sở vật chất…