Căn cứ chức năng của PTNTĐ được ghi trong Quy chế số 08/2008/QĐ-BKHCN ngày 08 tháng 7 năm 2008 quy định tổ chức và hoạt động của phòng thí nghiệm trọng điểm và Thông tư số 06/2010/TT-BKHCN ngày 02 tháng 7 năm 2010 của Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ về việc sửa đổi, bổ sung một số Điều của Quy chế tổ chức và hoạt động của phòng thí nghiệm trọng điểm, PTNTĐCNG có các chức năng sau đây:

• Nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ trong lĩnh vực Công nghệ gen;
• Tham gia đào tạo cán bộ KH&CN thông qua việc thực hiện các nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ thuộc lĩnh vực Công nghệ gen;
• Giám định các kết quả phân tích, thí nghiệm, kiểm nghiệm có liên quan đến công nghệ gen.

Xuất phát từ các chức năng nêu trên, Viện Công nghệ sinh học đã xây dựng các nhiệm vụ cho PTNTĐCNG như sau:

Tiến hành các nghiên cứu cơ bản và ứng dụng Genomics, Proteomics và Bioinformatics. Tiếp cận các nghiên cứu về lập ngân hàng gen, bản đồ gen của người Việt Nam; nghiên cứu ở mức độ phân tử về bệnh di truyền, ung thư, truyền nhiễm… ở người Việt Nam, nghiên cứu và phát triển dược phẩm sinh học.