Tiền thân của Phòng Công nghệ lên men hiện nay là Pilot vi sinh vật được thành lập từ Phòng Vi sinh vật học, Viện Sinh vật học, Viện Khoa học Việt Nam và sau đó đổi tên thành phòng Công nghệ lên men thuộc Trung tâm Nghiên cứu vi sinh vật, Viện Khoa học Việt Nam (1/7/1990-5/1993)

Phòng Công nghệ lên men thuộc Viện Công nghệ sinh học, Trung tâm Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia (nay là Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam), được thành lập theo Quyết định số 11/CNSH-QĐ ngày 8/7/1993 và sau khi điều động một số cán bộ từ Phòng Di truyền vi sinh vật sang, được bổ sung chức năng, nhiệm vụ theo Quyết định 88/QĐ-CNSH ngày 06/03/2002 của Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học

• Từ 1993 - 8/ 1998: Trưởng phòng: PGS. TS. Lương Đức Phẩm Phó trưởng phòng: TS. Trần Đình Mấn

• Từ 1/ 1999 – 2/ 2002: Phó phòng, phụ trách phòng: TS. Trần Đình Mấn

• Từ 3/ 2002 – 9/ 2007: Trưởng phòng: PGS. TS. Lê Gia Hy Phó trưởng phòng: TS. Phạm Thị Bích Hợp (từ 6/ 2004)

• Từ 10/ 2007-7/ 2008: Phó trưởng phòng & phụ trách phòng: TS. Phạm Thị Bích Hợp

• Từ 8/ 2010     Trưởng phòng: TS. Phạm Thị Bích Hợp

• Tạo các chủng vi sinh vật tái tổ hợp có khả năng sinh enzym chitinase, chitosanase, D-amino acid oxidase, GL 7-ACA acylase, serine protease, keratinase, lipase, lignin peroxidase, manganese peroxidase...

• Tuyển chọn các chủng vi sinh vật ưa kiềm, sinh enzym kiềm chịu nhiệt nhằm nghiên cứu sản xuất chế phẩm enzym dùng trong thuộc da và bổ sung vào chất tẩy rửa.

• Đã xây dựng qui trình công nghệ điều chế 6-APA. Từ kết quả nghiên cứu đã xây dựng Dự án tiền khả thi nhà máy kháng sinh cho Tổng Công ty Dược,  Bộ Y tế.

• Nghiên cứu lên men sản xuất enzym penicillin axylase sử dụng chuyển hoá penicillin G thành 6-APA và đã xây dung Dự án tiền khả thi dây chuyền sản xuất 6-APA cho Tổng Công ty Dược, Bộ Y tế.

• Đánh giá tính đa dạng loài của vi sinh vật trong vùng đất ngập mặn ven bờ, nhằm xây dựng Bộ sưu tập giống vi sinh vật biển có hoạt tính sinh học. Từ đó đã xây dựng được bộ sưu tập giống vi sinh vật biển có triển vọng sử dụng trong y tế và phòng chống bệnh tôm cá.

• Tuyển chọn và xây dựng bộ sưu tập giống chủng vi sinh vật có khả năng sinh enzym phân giải lignin, từ đó xây dựng được đề tài nghiên cứu sản chế phẩm enzym ứng dụng trong tẩy trắng bột giấy và xử lý nước nhà máy chế biến bột giấy.

• Xây dựng quy trình thu hồi chitin từ phế liệu chế biến tôm bằng phương pháp sinh học; Ứng dụng enzyme chitinase, chitosanase tái tổ hợp tạo ra các đường chức năng chitooligosaccharides hiệu quả.

• Xây dựng qui trình chọn tạo chủng giống có hoạt tính sinh tổng hợp cephalosporin C  và enzym chuyển hoá cephalosporin C thành 7-ACA, góp phần phát triển nhóm kháng sinh này ở Việt Nam.

• Đã xây dựng qui trình công nghệ lên men, tách chiết và điều chế vancomycin-HCl từ nguyên liệu trong nước bằng chủng Streptomyces orientalis 4912 nhằm xây dựng dây chuyền sản xuất kháng sinh này ở Việt Nam.

Đào tạo

• Đã đào tạo 06Tiến sĩ, 15 Thạc sĩ, 124 Cử nhân. Hiện có 4 NCS; 4 Học viên cao học và 8 Cử nhân đang thực hiện Luận án, Luận văn, khóa luận tại phòng.

• Đã gửi 3 lượt cán bộ đi thực tập dài hạn, đào tạo tiến sĩ tại nước ngoài, cho đến nay đã có 1 cán bộ của phòng nhận học vị tiến sĩ tại nước ngoài và trở về phòng làm việc. Ngoài ra, phòng CNLM cũng đã gửi một số lượt cán bộ đi thực tập ngắn và trung hạn ở các nước: Đức, Thái Lan, Singapore, Austraulia…

• Các cán bộ của phòng CNLM tham gia giảng dạy đại học và sau đại học tại nhiều cơ sở đào tạo: Trường Đại học DL Phương Đông, Viện Đại học Mở, Đại học Thành Tây, Đại học Nông lâm Thái Nguyên, Đại học Thái Nguyên, Trường Đại học Khoa học và Công nghệ Hà Nội (USTH).

Hợp tác Quốc tế

• Trao đổi và ký bản ghi nhớ hợp tác với đơn vị tại Hàn Quốc: Trường Đại học quốc gia Kyungpook, Trung tâm sinh học Gyeonggi (GGBC); Công ty Nanotoxtech và Trung tâm sở hữu trí tuệ Gyeonggi (GIPC) trong lĩnh vực nghiên cứu sản xuất kháng sinh.
• Trao đổi nghiên cứu và hợp tác nghiên cứu với GS.Serge Kaliaguine, Khoa Công nghệ hóa học,Đại học Laval, Quebec, Canada . 
• Hợp tác và trao đổi nghiên cứu với GS. Montarop Yamabhai, đại học công nghệ Suranaree, Thái Lan.
• Đã gửi cán bộ đi học tập và nghiên cứu tại Bỉ, Hàn Quốc, Nhật Bản, Thái Lan, Đài Loan, Đức và Canada.