Trung tâm Giống và Bảo tồn nguồn gen Vi sinh vật được thành lập ngày 01/01/2015 theo quyết định số 678/QĐ-CNSH của Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học (31/12/2014) và căn cứ vào nhiệm vụ của Chủ tịch Viện Hàn lâm KHCNVN giao cho Viện Công nghệ sinh học giai đoạn 2013 – 2014 làm chủ trì. Trung tâm được thành lập trên cơ sở phòng Di truyền Vi sinh vật thuộc Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam.
Tiền thân của Trung tâm là Phòng Di truyền Vi sinh vật được thành lập năm 1993 do PGS. TS. Ngô Đình Bính làm Trưởng phòng. Dưới đây là tóm lược cơ cấu tổ chức, nhân sự và một số nét chính trong các giai đoạn:
Từ 1993 – 7/2010: Phòng Di truyền Vi sinh vật do PGS. TS. Ngô Đình Bính làm Trưởng phòng. Trong giai đoạn này, các cán bộ của phòng đã chủ trì và tham gia thực hiện nhiều đề tài cấp nhà nước, đề tài cấp bộ. Các hướng nghiên cứu chính tập trung vào: (1) Nghiên cứu đa dạng sinh học của vi sinh vật, đánh giá và khai thác nguồn gen vi sinh vật nhằm mục đích sử dụng trong nông nghiệp (thuốc sinh học trừ sâu và phân bón hữu cơ vi sinh), sản xuất công nghiệp (các chất có hoạt tính sinh học) và bảo vệ môi trường (xử lý các chất thải bằng phương pháp sinh học); (2) Ứng dụng sinh học phân tử và kỹ thuật gen để khai thác nguồn nguyên liệu di truyền, cải tiến các giống vi sinh vật, chuyển gen từ vi sinh vật vào các đối tượng khác phục vụ công nghiệp, nông lâm nghiệp và bảo vệ môi trường; (3) Ứng dụng các kỹ thuật gen để phát triển các bộ sinh phẩm (bộ Kit) phục vụ cho phân loại vi sinh vật và phát hiện nhanh vi sinh vật độc hại gây ô nhiễm đất, không khí, nước và thực phẩm.
Từ 7/2010 – 12/2014: TS. Lê Văn Trường được điều chuyển từ phòng Kỹ thuật Di truyền về làm Phụ trách phòng và Phó Trưởng phòng, phụ trách Phòng (1/2011-12/2014) thay cho PGS. Ngô Đình Bình do hết tuổi quản lý. Trong giai đoạn này, hướng nghiên cứu của phòng vẫn theo các hướng nghiên cứu của giai đoạn trước.
Từ 01/01/2015 – 30/01/2020: Nhằm đáp ứng yêu cầu của nhiệm vụ và sự phát triển chung của Viện CNSH nói riêng và của Viện Hàn lâm KHCNVN nói chung, Viện trưởng Viện CNSH đã ra quyết định thành lập Trung tâm giống và Bảo tồn nguồn gen vi sinh vật trên cơ sở Phòng Di truyền Vi sinh vật và bổ nhiệm PGS.TS. Đồng Văn Quyền - Phó Viện trưởng, Trưởng phòng Vi sinh vật học phân tử làm Giám đốc Trung tâm (kiêm nhiệm) và hai Phó giám đốc là TS. Lê Thị Minh Thành và TS. Lê Văn Trường. Cùng với sự đổi tên Phòng thành Trung tâm, hướng nghiên cứu đã được mở rộng.
Từ 02/2020 – nay: PGS. TS. NCVCC. Phí Quyết Tiến được Viện trưởng Viện CNSH bổ nhiệm làm Giám đốc Trung tâm thay PGS. TS. NCVCC. Đồng Văn Quyền. TS. NCVC. Lê Văn Trường được điều chuyển và bổ nhiệm làm Phó trưởng phòng phòng Vi sinh vật học phân tử. TS. NCVC. Lê Thị Minh Thành tiếp tục được bổ nhiệm làm Phó giám đốc Trung tâm. Hiện tại Trung tâm có 14 CBVC, trong đó có 01 PGS. TS, 06 TS, 04 ThS và 03 CN.
Lãnh đạo Trung tâm qua các thời kỳ
| 1998 – 02/2002 | Trưởng phòng | PGS. TS. Ngô Đình Bính |
| Phó Trưởng phòng | PGS. TS. Lê Gia Hy | |
| 03/2002 – 06/2010 | Trưởng phòng | PGS. TS. Ngô Đình Bính |
| 07/2010 – 12/2010 | Phụ trách phòng | TS. Lê Văn Trường |
| 01/2011 – 12/2014 | Phó Trưởng phòng | TS. Lê Văn Trường |
| 01/2015 – 01/2020 | Giám đốc Trung tâm (kiêm nhiệm) | PGS. TS. Đồng Văn Quyền |
| Phó Giám đốc Trung tâm | TS. Lê Thị Minh Thành | |
| Phó Giám đốc Trung tâm | TS. Lê Văn Trường | |
| 02/2020 – nay | Giám đốc Trung tâm | PGS. TS. Phí Quyết Tiến |
| Phó Giám đốc Trung tâm | TS. Lê Thị Minh Thành |